Es conocido el potencial económico que alberga esta región del Sudeste del país, pero esta potencialidad, muy necesaria para el desarrollo económico y social, puede traducirse en daños crecientes si su implementación no responde a una adecuada planificación regional del desarrollo sostenible, que permita identificar los impactos negativos tanto a nivel social como ambiental, y en base a ello desarrollar estrategias de mitigación, introduciendo los aspectos ambientales como un factor de producción.
Tanto en la parte alta de la cuenca del río Paraguay como en el Pantanal, se llevan a cabo actividades humanas que afectan el mantenimiento de los procesos hidro-biológicos, y, con ello, su productividad, la biodiversidad que sustenta y los servicios ambientales que brinda a sus habitantes.
La creciente demanda de insumos tanto para alimentación como para biocombustibles, ha promovido que la parte alta de la cuenca, principalmente en la porción brasileña de la cuenca (la cual se constituye en las nacientes del río Paraguay y de innumerables tributarios) sea ocupada por extensos cultivos de soya, así como caña de azúcar para biocombustible, devastando extensas áreas de bosque nativo, principalmente de Cerrado, formación vegetal rica en especies endémicas y de características muy particulares.
Adicionalmente, esta creciente expansión agrícola está atentando contra el mantenimiento de la productividad del Pantanal, ya que se están eliminando las fuentes de recargas (bosques naturales que fungen como protección, así como los tributarios) en la parte alta de la cuenca. Por otro lado, los insumos químicos empleados en la producción agrícola contaminan considerablemente los cuerpos de agua, ya que son arrastrados por el agua hacia la llanura de sedimentación, siendo distribuidos por todo el sistema a través de los pulsos de inundación.
Si bien en Bolivia, en la parte alta de la cuenca del río Paraguay, la conversión de bosques para usos agropecuarios ha sido hasta ahora baja, con alrededor de 2,3% (Fuamu, 2006), esta situación podría cambiar ante la falta de un desarrollo planificado.
Por esto, es imprescindible acompañar este desarrollo con procesos de saneamiento de tierras, evitando asentamientos humanos no planificados y la planificación de la construcción de carreteras, por supuesto, asumiendo todas las medidas de mitigación necesarias para que esta vinculación caminera -que mejora la calidad de vida de los pantaneros- no facilite la depredación y pérdida de la calidad del humedal.
Así mismo, en los últimos años Bolivia ha estado abasteciendo de carbón a empresas siderúrgicas en Brasil, generado a partir del Bosque Chiquitano -donde nacen los ríos que descienden hasta el Pantanal y que hacen parte de todo el sistema hidrológico.
Con la pérdida de vegetación, producto de la habilitación de áreas para prácticas agropecuarias o para la producción de carbón, se incrementa en millones de toneladas la cantidad natural de sedimentos que arrastra anualmente el Pantanal, y con ello se produce una acelerada sedimentación de lagos, lagunas y curiches, como está sucediendo con la laguna Cáceres, trayendo consigo la desaparición de una gran diversidad de fauna acuática, organismos que son la base alimenticia de una impresionante diversidad, y que en su conjunto son atractivo turístico de la ecorregión. Así mismo, esta deforestación aumenta los efectos del temido cambio climático, al disminuir áreas de bosque que cumplen la función de capturar carbono de la atmósfera y liberar oxígeno a través de la fotosíntesis, lo que también sucede con los gases de dióxido de carbono que se producen por efecto de la quema o la producción de carbón,
Igualmente, debido a la creciente dinámica económica en las exportaciones que se producen y pasan por la región, la adecuación del río Paraguay en busca de facilitar el transporte sigue siendo uno de los mayores anhelos de la población local y los exportadores, significando a la vez, sin embargo, una de las mayores amenazas, no sólo para el Pantanal, sino para todo el sistema de la cuenca del río Paraguay y del Paraná.
Por otro lado, las actividades de cacería y pesca predatorias se constituyen en una amenaza permanente, y son impulsadas por algunas actividades turísticas irresponsables y por el tráfico de especies.